اوایل حضور در مجلس، طی حکمی از سوی حضرت امام خمینی (ره) به عنوان نماینده حضرت امام در سپاه پاسداران انقلاب اسلامی منصوب گردید. باتوجه به اینکه وی در مجلس شورای اسلامی عضو کمیسیون دفاع بود، در آن ایام توانست در جهت تدوین و تصویب قوانین مربوط به تشکیلات دفاعی کشور (ارتش و سپاه) گامهای بلندی را بردارد. نقش ارزشمند در تصویب اساسنامه سپاه و موضعگیریهای صحیح او در برابر مسائل سیاسی، داخلی و خارجی هنوز در خاطر نمایندگان دوره اول مجلس و ناظران مسائل سیاسی باقی است.
شهید محلاتی در سنگر سپاه علاوه بر ارشاد و راهنمایی، مسئولیت هماهنگ‌سازی سپاه و دیگر نیروهای مسلح را برعهده داشت. وی کار خود را با یک اتاق در ستاد مرکزی سپا آغاز و در طول مدت حضور پربرکتش در سپاه توفیق آن را یافت تا به عنوان نماینده حضرت امام (ره) تشکیلات نمایندگی ولی فقیه را با تاسیس بیش از هفتاد دفتر تقویت نماید و در منطق، نواحی و تمام رده‌های سپاه، نظارت دقیقی بر هماهنگی و همراهی این نهاد با خط ولی فقیه را داشته باشد.
البته آنچه وی را در کار بزرگ نظارت، ارشاد و هدایت سپا توفیق بخشید – علاوه بر جایگاه خطیر نمایندگی حضرت امام (ره) در سپاه – ویژگیهای اخلاقی و رفتاری آن شهید بزرگوار بود؛ به نحوی که پاسداران در سختیها و مشکلات به آغوش پدرانه ایشان به عنوان یک ملجا و تکیه‌گاه روی آورده و رهنموده و نصایح آن مرد خدا، برایشان راه‌گشا بود.

مراسم سالروز شهادت شیخ فضل الله محلاتی روز دوشنبه 30 اسفندماه در حرم حضرت معصومه(س) برگزار شد.

به گزارش خبرگزاری های فارس و رسا از قم، حجت الاسلام رزاقی در این مراسم با توجه به ویژگی های شخصیتی شهید محلاتی تصریح کرد: وی از فضلای برتر حوزه علمیه بود که به تعبیر امام خمینی(ره) حقیقت تفکر و دین را تا پای شهادت پیمود.
وی با اشاره به حضور طلاب حوزه های علمیه سراسر کشور در جبهه های نبرد طی هشت سال جنگ تحمیلی گفت: دو هزار و پانصد شهید انقلاب از حوزویون هستند که در سایه ایمان و استقامت در مقابل دشمنان به درجه رفیع شهادت نائل شدند که نمایانگر اصالت دین و انقلاب اسلامی ایران است.
وی شهدا را شاهدان همیشه زنده تاریخ نامید و افزود: شهید سنگینی رسالت انبیا را بر دوش دارد و شهدای جامعه روحانیت که همان علما و دانشمندان دینی هستند با ارتقا سطح آگاهی ملت و در نهایت عمل به ارزشهای دین اسلام باید الگوی روحانیت نسل امروز باشد.
حجت الاسلام رزاقی با تاکید بر لزوم توجه ویژه به ترویج فرهنگ شهادت در جامعه که ناشی از باور و شخصیت شهید است بیان کرد: فرهنگ شهادت از شهادت است و باید با تقویت ایمان و اندیشه جوانان مسیر انبیا و اولیا را زنده نگاه داشت.
وی جهاد و مبارزه در راه حفظ ارزش های دینی را اساس باور روحانیت مبارز انقلاب عنوان کرد و گفت: جامعه روحانیت باید به متن مسایل و حوادث روز دنیا آگاه باشند و فقط به مطالعه و کسب علم بسنده نکنند و با الگو پذیری از شهید محلاتی و شهدای دیگر انقلاب به این آموزه ها جنبه عملی دهند.
وی خاطرنشان کرد: رشد علمی دانشگاهیان و متدینین ایران برای دشمنان خطرآفرین است ولی علما و دانشمندان ایران با الگو گرفتن از شهدای انقلاب و بی اعتنا به تهدیدات آنها با استقامت در مسیر آرمانها شهدا گام بر می دارند.
شایان ذکر است مراسم دیگری به مناسبت سالروز شهادت شهید محلاتی 3/12/85 از ساعت 17-15 در گلزار شهدای علی بن جعفر با سخنرانی حجت الاسلام صدیقی برگزار خواهد شد.